Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
DOI:
https://doi.org/10.54495/Rev.Cientifica.v29i1.48Palabras clave:
VIH, VIH-1, subtipificación, subtipo BResumen
El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env) codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1 y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial, actualmente se han identificado nueve subtipos de VIH-1 y 58 formas recombinantes circulantes (FRC). En Centroamérica, el subtipo B del VIH-1 es el causante de la mayoría de los casos de VIH positivo; en Guatemala se ha reportado la presencia de subtipo B, de formas recombinantes BF1 y del subtipo C; sin embargo, actualmente no existen análisis filogenéticos que indiquen las variantes de este subtipo. Debido a lo anterior, el objetivo del estudio fue llevar a cabo la subtipificación de 400 secuencias de la región pol del VIH-1 obtenidas de 400 pacientes VIH-1 positivos, en una clínica de atención integral de Guatemala del 2010 al 2015. Para determinar los distintos subtipos de VIH-1 presentes en Guatemala se realizó la subtipificación de las secuencias obtenidas por la prueba de genotipo en formato FASTA, con la herramienta REGA HIV-1 Subtyping Tool Version 3.0. Con el fin de determinar la relación entre las variantes de VIH-1, se realizó un alineamiento de secuencias y árboles filogenéticos utilizando el método Neighbor Joining y Máxima Verosimilitud con 100 réplicas bootstrap, con el programa MEGA 7.0.21. Se determinó que el subtipo con mayor frecuencia de las
secuencias analizadas es el subtipo B con un (71.5 %), seguido de la forma recombinante BD (16.75 %) y el subtipo B-like (7.75 %).
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Arenas, M. (2015). Trends in substitution models of molecular evolution. Frontiers in Genetics, 6(319). https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00319 DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00319
Ávila-Ríos, S., Mejía-Villatoro, C. R., García-Morales, C., Soto-Nava, M.,Escobar, I., Mendizabal, R., … & Reyes-Terán, G. (2011). Prevalence and patterns of VIH transmitted drug resistance in Guatemala. Revista panamericana de salud pública, 30(6), 641-648. https://doi.org/10.1590/S1020-49892011001200024 DOI: https://doi.org/10.1590/S1020-49892011001200024
Darriba, D., Taboada, G., Doalla, R., & Posada, D. (2012). jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. Nature methods9(8), 772. https://doi.org/10.1038/nmeth.2109 DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.2109
Delgado, R. (2011). Características virológicas del VIH. Enfermedades infecciosas y microbiológica clínica, 29(1), 58-65. https://doi.org/10.1016/j.eimc.2010.10.001 DOI: https://doi.org/10.1016/j.eimc.2010.10.001
De Oliveira, T., Deforche, K., Cassol, S., Rambaut, A., & Vandamme, A. (2014). REGA HIV-1 Subtyping Tool - Version 3.0 [Software]. Recuperado de http://dbpartners.stanford.edu:8080/RegaSubtyping/
stanford-hiv/typingtool/
Engelman, A., & Cherepanov, P. (2012). e structural biology of HIV-1: mechanistic and therapeutic insights. Nature reviews. Microbiology, 10(4), 279-290. https://doi.org/10.1038/nrmicro2747 DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2747
Fauci, A., Kasper, D., Hauser, S., Longo, D., Jameson, L., & Loscalzo, J. (2008). Harrison Principios de medicina interna. México. D.F.: Mc GrawHill.
Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA 7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datadets. Molecular biology evolution, 33(7), 1870-4. https://doi.org/10.1093/molbev/msw054 DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msw054
Lahuerta, M. (2009). Epidemiología molecular y control de la transmisión vertical del VIH-1: En un área endémica de malaria del sur de Mozambique (Tesis doctoral). Universitat de Barcelona, España.
López, P., Rivera-Amill, V., Rodríguez, N., Vargas, F., & Yamamura, Y. (2016). The genetic diversity and evolution of HIV-1 subtype B epidemic in Puerto Rico. International journal of environmental research and public health, 13(1), 55. https://doi.org/10.3390/ijerph13010055 DOI: https://doi.org/10.3390/ijerph13010055
Murillo, W., Veras, N., Prosperi, M., Lorenzana, I., Paz, G., Morales, S., … & Salemi, M. (2013). A Single early introduction of VIH-1 subtype B into Central America accounts for most current cases. Journal of virology,87(13),7463-7470. https://doi.org/10.1128/JVI.01602-12 DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.01602-12
Pasquier, C., Millot, N., Njouom, R., Sandres, K., Cazabat, M., Puel, J., & Izopet, J. (2001). HIV-1 subtyping using phylogenetic analysis of pol gene sequences. Journal of virological methods, 94, 45-54. https://doi.org/10.1016/S0166-0934(01)00272-5 DOI: https://doi.org/10.1016/S0166-0934(01)00272-5
Pineda-Peña, A. C., Faria, N. R., Imbrechts, S., Libin, P., Abecasis, A. B., Deforche, K., … & Vandamme, A. M. (2013). Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools. Infection, genetics and evolution, 19, 337-348. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.04.032 DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.04.032
Programa Conjunto de las Naciones Unidas sobre el VIH/sida. (2017). HIV and AIDS Estimates. Guatemala. Recuperado de http://unaids.org/es/regionscountries/countries/guatemala
Ríos, M., Villanueva, C., San Martín, C., & Ramírez, E. (2003). Identificación de subtipos B y F de VIH-1 en pacientes chilenos. Revista médica de Chile, 131(7), 711-718. https://doi.org/10.4067/S0034-98872003000700001 DOI: https://doi.org/10.4067/S0034-98872003000700001
Robertson, D., Sharp, P., McCutchan, F., & Hahn, B. (1995). Recombination in HIV-1. Nature,374(6518),124. https://doi.org/10.1038/374124b0 DOI: https://doi.org/10.1038/374124b0
Silvestre, L. (2010). Infecciones de transmisión sexual en personas viviendo con VIH/SIDA con o sin tratamiento antirretroviral (Tesis de licenciatura). Universidad de San Carlos de Guatemala, Guatemala.
Taylor-Castillo, L., León-Bratti, M. P., Solano-Chinchilla, A., Herrera-Martínez, G., Boza- Cordero, R., León, B., … & Visoná, K. (2010). Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools. Revista Panamericana de Salud Pública, 27(1), 23-31. DOI: https://doi.org/10.1590/S1020-49892010000100004
https://doi.org/10.1590/S1020-49892010000100004 DOI: https://doi.org/10.1590/S1020-49892010000100004
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